در کنار همه خدمات عمرانی، معیشتی، بهداشتی و اقتصادی، بی‌شک نباید از رشد معنوی و اعتقادی مردم غفلت کرد. حجت الاسلام خاکی ضمن توجه به تمام عرصه‌هایی که زمینه کار در آنها وجود دارد به منظور ارتقای نهضت خدمت رسانی مساجد، دوره‌های مختلف آموزشی را برگزار کرده است تا مقابله‌ای صحیح در برابر هجمه شبهات فرقه‌های انحرافی داشته باشند.
او با توجه به بازخوردهای میدانی می‌گوید که این دوره‌ها بسیار پر بازده بوده است؛ از جمله مباحثی که به صورت مفصل به آن پرداخته شده، بحث جریان شناسی امامت است.